I ricercatori hanno scoperto un misterioso gene nel codice genetico del coronavirus SARS-CoV-2, un segmento quasi nascosto alla vista nel genoma del virus e ancora trascurato.
Il gene recentemente identificato – ORF3d – è un esempio di quello che viene chiamato un gene sovrapposto: una sorta di “gene all'interno di un gene” che si nasconde effettivamente nella catena dei nucleotidi perché si sovrappone alle sequenze codificate di altri geni.
“In termini di dimensione del genoma, SARS-CoV-2 ei suoi parenti sono tra i virus a RNA più lunghi esistenti”, spiega il bioinformatista Chase Nelson dell'American Museum of Natural History.
“Pertanto, sono più suscettibili agli” inganni genomici “rispetto ad altri virus a RNA”.
In effetti, i virus sono molto inclini alla sovrapposizione dei geni, quindi questa non è esattamente una scoperta sorprendente. Resta da vedere se ORF3d sia davvero una bufala genomica, ma è comunque decisamente difficile da vedere.
I geni sovrapposti sono difficili da identificare nelle sequenze genetiche perché i sistemi di scansione genomica possono spesso saltarli durante la scansione di linee di codice genetico: sono programmati per selezionare singoli geni, ma non vedono necessariamente istruzioni generali comuni ai nucleotidi dei geni adiacenti nella sequenza.

Micrografia elettronica di particelle di virus SARS-CoV-2. (NIAID).
Nel contesto di virus come SARS-CoV-2, questo può creare un grave punto cieco. Gli scienziati si sono sforzati di capire il più possibile su questo virus devastante dall'inizio di quest'anno, e sebbene alcuni aspetti della sua struttura genetica siano stati chiariti (inclusa la ferma convinzione che non sia stato “ creato in laboratorio ''), c'è ancora molto che non sappiamo ancora. .
“I geni sovrapposti possono essere uno degli arsenali dei modi in cui i coronavirus si sono evoluti per replicarsi in modo efficiente, minare l'immunità dell'ospite o trasmettersi”.
Per quanto riguarda ORF3d, c'è ancora molto da imparare sul motivo per cui esiste, si nasconde nel genoma e si sovrappone ad altri geni.
Una cosa che sappiamo per certo del misterioso gene, sulla base di precedenti esami del sangue di pazienti COVID-19, è che ORF3d innesca una forte risposta anticorpale.
“Non conosciamo ancora la sua funzione e il significato clinico”, afferma Nelson.
“Ma prevediamo che è relativamente improbabile che questo gene venga rilevato da una risposta delle cellule T, al contrario di una risposta anticorpale.” E forse ha qualcosa a che fare con il modo in cui il gene è stato in grado di sorgere. ”
Una cosa è certa. Per un virus che ha solo circa 15 geni noti, la scoperta di un altro, per non parlare di un gene sovrapposto, è un progresso significativo. Quanto è importante, gli scienziati cercheranno ora di scoprirlo.
I risultati vengono riportati a eLife.
